לא כל מצב של טרשת עורקים (ואפילו טרשת מתקדמת) מחייב ביצוע מיידי של ניתוח מעקפים דחוף: ישנם מצבים "אפורים" שבהם ניתן לשקול הן ביצוע צנתור והן ניתוח לב; ישנן סיטואציות שבהן ישנה עדיפות לטקטיקה טיפולית מסויימת; וכמובן קיימות התוויות מוחלטות (אבסולוטיות) לטיפול זה או אחר. בכל מקרה, תמיד ההחלטה הסופית תהיה של החולה עצמו.
כאשר בוחנים ברפואה את הטיפול המיטבי, עוקבים אחרי אלפי חולים לאורך שנים, ורואים מהו הטיפול שריפא הכי הרבה חולים (בהשוואה לאלטרנטיבה, במקרה הזה – צנתור); זה שאחריו חיו הכי הרבה מטופלים (שוב: בהשוואה לחלופות); ולא רק שהם נותרו בחיים אחרי הטיפול – אלא חיו למשך כמה שיותר שנים ובבריאות הטובה ביותר (שכן טיפול שיותיר מטופלים רבים נכים או באיכות חיים נמוכה לא ייחשב למוצלח).
ניתוח מעקפים נחשב, באופן מסורתי, לטיפול המיטבי והמוחלט ביותר בבעיה – כזה שיכול לפתור אותה לשנים רבות קדימה. עם זאת, עדיין מדובר בניתוח לב פתוח, שהוא לא דבר שאיש מתייחס אליו בקלות ראש. לאחר מחקרים רבים, התגבשו בעולם רפואת הלב קריטריונים ברורים, שלהם הניתוח נחשב מוצלח ומתאים במיוחד.
מצבים אלו כוללים, בין היתר: חולה עם היצרות משמעותית של העורק השמאלי הראשי (ה-LAD); חולה שיש לו היצרויות ב-3 העורקים הכליליים ("מחלה תלת-כלית" או Triple-vessel disease), בייחוד אם הוא חולה סוכרתי; חולה עם פגיעה בתפקוד החדר השמאלי; מטופל שיש לו היצרות בעורקים הכליליים וגם במקביל בעיה באחד ממסתמי הלב (אצלו, בניתוח לב פתוח, ניתן יהיה "לתפוס שתי ציפורים במכה" – גם לפתור את הבעיה המסתמית וגם את הבעיה הכלילית); חולים עם מחלה כלילית מורכבת; ומטופלים שאינם מתאימים להתערבות צנתורית.
לצד ההתוויות המוחלטות למעקפים, קיימים מצבים אחרים נוספים שמצדיקים ניתוח, למשל: חולים שאצלם לא ניתן לפתוח את העורק החסום בצנתור (בשל אופי או מיקום החסימות העורקיות); או שבוצע בהם צנתור – אך הוא לא הצליח לפתוח את החסימות; או שמראש, על פי היקף ודרגת החסימות, נראה כי עדיף לבצע מלכתחילה ניתוח מעקפים. ניתוח מעקפים נעשה באופן אלקטיבי (קביעת תור, מראש) אך יכול להתבצע גם כניתוח חירום דחוף, לאחר התקף לב משמעותי.
ההחלטה להפנות חולה לניתוח מעקפים תלויה במשתנים רבים, שאותם משקללים הקרדיולוג ומנתח הלב. החלטתם נשענת על התשובה לשאלה: באיזה נתיב טיפולי היחס של הסכנה לעומת תועלת יהיה הנמוך ביותר? במילים אחרות: באיזו דרך נשיג מקסימום ריפוי, למשך הזמן הרב ביותר, במינימום סיכונים למטופל שמולנו?
בעקרון, בחולים שמופנים לניתוח מעקפים, המחלה הטרשתית היא כזו שהתערבות בצנתור תהיה בלתי אפשרית או בדרגת סיכון גבוהה יותר לעומת ניתוח מעקפים או שהתוצאה של ניתוח לטווח ארוך תהיה טובה יותר – הן בהיבט של שיפור והעלאת תוחלת החיים, הן בהיבט של איכות החיים והן בהיבט של התערבויות חוזרות (למשל: מצב שבו צנתור יפתור את הבעיה – אך לאחר מספר שנים יידרש צנתור חוזר; מול ניתוח מעקפים שיפתור את הבעיה "אחת ולתמיד").
מעקפים הם אכן פתרון רדיקלי הרבה יותר מצנתור: יש צורך בפתיחת בית החזה; המנותח נדרש לאשפוז של כ-4-5 ימים ולאחריו לשיקום קצר ולהתאוששות; ולניתוח, כמו לכל פעולה פולשנית, קיים שיעור מסויים של סיבוכים וסיכונים.
מנגד: היעילות של ניתוח מעקפים לאורך זמן אינה מוטלת בספק ונחשבת לטובה ביותר מכל החלופות האפשריות, ומדובר בפתרון משמעותי, נחרץ וגורף (בכל הקשור לעורקי הלב). גם אם יתפתחו היצרויות חדשות לאורך העורק – הן לא יפריעו למטופל, כל עוד הן לא נמצאות אחרי נקודת ההתחברות של המעקף.